Fue fundado en 1636 por la generosa benefactora Doña María de Ceballos, para que se estableciera en Charcas un monasterio de monjas franciscanas bajo la advocación de Santa Clara. El convento tiene un hermoso patio con celdas independientes. Es hasta ahora un monasterio de clausura, cuyo claustro es de dos plantas con arcos sostenidos por columnas labradas en piedra arenisca.
Actualmente existen dos salas adecuadas para el museo donde se pueden apreciar obras del maestro Bernardo Bitti y Montúfar, así como importantes esculturas, muebles preciados, joyería, platería, objetos valiosos de uso litúrgico, instrumentos musicales barrocos. Entre los que se destaca un valioso órgano del siglo XVIII que se encuentra en el templo de una sola nave.
