La capilla fue construida en 1602 por orden del Obispo Alonso Ramírez de Vergara. Más tarde en 1617 fue ampliada y destinada para el culto de la Virgen de Guadalupe por Fray Gerónimo Mendez de la Tiedra. Cobija la imagen de Nuestra Señora de Guadalupe pintada por Fray Diego de Ocaña en el año 1601. El generoso espíritu religioso de la población venera a esta imagen desde sus orígenes hasta ahora. Es la patrona de la ciudad.
En 1784, el lienzo original se reforzó con una plancha de plata y oro, que cubre el manto de la Virgen, permaneciendo de la pintura original el rostro de la Virgen, el niño y sus manos.
El culto del que ha sido objeto fue ornando la imagen con diferentes tipos de joyas, importantes personalidades de la historia nacional, así como humildes devotos enriquecieron esta imagen.
